过滤效率是实验室高效过滤器最重要的技术参数之一，也是衡量过滤器性能的主要指标。过滤效率是指在规定的测试条件下，过滤器对特定粒径的颗粒物的过滤能力。一般来说，高效过滤器的过滤效率应达到99.95以上，对0.3μm以上的颗粒物过滤效率应不低于99.995%。
高效过滤器的更换周期应根据实际情况而定，一般建议在以下情况下进行更换：
1、过滤器使用时间超过设计寿命；
2、过滤器经过多次清洁和维护后仍无法恢复性能；
3、过滤器损坏严重或无法修补；
4、压差达到或超过设计值；
5、经过检测发现过滤器性能下降。
各个高效过滤器的阻力差别会影响风量平衡和气流均匀，安装时应将阻力过高或过低的个别空气过滤器剔除，将阻力大小相近的空气过滤器安排在同一房间中，同一房间中不同阻力的空气过滤器也宜均匀分散位置。
对于运行中的洁净室，末端高效过滤器的价值并不高，全部加起来可能还不到用户几个小时的产值，但更换末端高效过滤器的风险和间接费用会很高。更换过滤器时要停产，停产损失只有业主自己能算出来，这笔损失肯定比过滤器的备件费用高。更换高效过滤器是十分仔细的操作，洁净室内的任何东西都可能价值昂贵，破坏一个部件其损失可能高于全部过滤器的费用。更换过滤器后要由有经验人员进行检测，有时还要对空调系统进行调试，还要经过一段时间的试运行。检测、调试、试运行，三项费用加到一起，可能会与过滤器价格不相上下。聪明的业主总是希望尽可能地延长高效过滤器的使用寿命，不是为了省过滤器那几个钱，他们是想避免因更换过滤器而产生的一堆麻烦。
要延长高效过滤器的使用寿命，根本的办法是将灰尘挡在预过滤器。更换预过滤器一般无须停产，无须调试，所以有经验的业主会把注意力和钱花在预过滤器及保护级中级过滤器上。对于10K级和100K级洁净厂房，预过滤选用G4、中级可选用F8过滤器（比色法95%），这样，末端高效过滤器的使用时间会延长。在国外项目中和国内新建项目中，F8过滤器是非均匀流洁净室常见的预过滤器。