高效过滤器采用超细玻璃纤维滤纸或聚丙烯滤纸为滤材，经密摺而成，高效过滤器密摺的滤纸由纸隔板或铝箔隔板做成的小插件间隔，保持流畅通道，外框为木框、镀锌板、不锈钢板或铝合金型材，用新型聚氨酯密封胶密封。
高效结构又有无隔板和有隔板之分。无隔板主要采用热溶胶作为滤芯的分隔物，便于机械化生产。加之其具有体积小、重量轻、便于安装、效率稳定、风速均匀的优点，洁净厂房所需的大批量的过滤器多采用无隔板结构。有隔板高效，多采用铝箔、纸做成折叠状作为滤芯分隔物，形成空气通道。分隔板有采用优质牛皮纸，热滚压成形或采用胶版纸作分隔板。多采用双面上胶的铜版纸作分隔板，主要目的是为了防止分隔板受冷热干湿的影响发生收缩，从而散发微粒。但在温湿度发生变化时，这种隔板纸可能会有较大颗粒散发，从而造成洁净厂房洁净度测试不合格。
无隔板高效过滤器：
无隔板过滤器是用热熔胶代替有隔板过滤器的铝箔对滤材进行分隔。由于没有了隔板使得50mm 厚的无隔板型过滤器能够达到150mm 厚的有隔板过滤器的性能。 90mm 厚外框的HEPA在相同过滤面积及过滤效率的情况下，风量可以达到有隔板SPAN 150mm 厚标准阻力型的1.3倍，SPAN 150mm 厚标准阻力型的两倍。可以满足当今空气净化对各种空间和重量及能源消耗的严苛需求。
有隔板高效过滤器：
有隔板高效过滤器是用超细纤维作滤料、优质牛皮纸热滚压成形或采用胶版纸、铝铂作分隔板，与木框或铝合金框胶和而成，具有过滤效率高，阻力低，风量大的优点。有隔板高效过滤器多采用双面上胶的铜版纸作分隔板，目的是为了防止分隔板受冷热干湿的影响发生收缩，从而散发颗粒。适合于低级别的非单向流项目与各种净化设备和洁净厂房。有隔板过滤器中，铝隔板过滤器主要用于高温或高湿环境，纸隔板过滤器用在普通洁净环境。有隔板风量相对较大，可以用作耐高温过滤。